Markantes Bauteil der Basilika ist die Unterkirche, als Säulenhalle unter der Empore, im Westen des Gebäudes.Fälschlicherweise werden auch heute noch manchmal die Bezeichnungen "Krypta" oder "Halbkrypta" verwendet. Wahrscheinlicher Grund für die Bauform ist eine Veränderung des Bauplans während der Erbauung im beginnenden 13. Jahrhundert. Der etwa 1170 begonnene Bau, war schon im Osten fertiggestellt, als man sich entschloss, im Westen eine große Nonnenempore zu errichten, obwohl die Gewölbehöhe des Hauptschiffes dafür nicht ausreichte.
Das Bild rechts-oben zeigt den Zustand vor der Sanierung des Innenraums ab dem Jahr 2011, das Bild links-unten zeigt den Zustand seit der Ausmalung im Jahr 2014.

Die Ausmalung folgt den Ausführungszeichnungen des Architekten Carl Schäfer, der die Wiedererrichtung der Basilika in den Jahren 1882-85 leitete.